Флора и фауна
Первой особой гордостью национального парка "Башкирия" являются уникальные по своей сохранности, нетронутые человеком старовозрастные леса. Они не вырубались на протяжении многих десятилетий и не страдали от лесных пожаров. Эти леса, в основном широколиственные, состоят из дуба, липы, клена, и к которым примешивается береза и осина. Вдоль речек и ручьев тянутся густые черемушники.
Согласно ботанико-географическому районированию растительность национального парка "Башкирия" относится к Восточноевропейской лесостепной провинции Евроазиатской степной области и (по горным хребтам) Урало-Западносибирской провинции Евроазиатской таежной области, для которой характерны горные подтаежные и широколиственные лесостепные районы Южного Урала.
Флора парка еще не изучена подробно, но можно определить, что здесь произрастает не менее 700-750 видов сосудистых растений, для сравнения - на территории Башкирского заповедника на площади 49 тысяч гектаров отмечено 823 вида сосудистых растений. Флористическое богатство территории парка связано исключительно мозаичностью растительного покрова, в котором сочетаются черты степной, широколиственной, таежной и горно-луговой растительности.
Достаточно богат состав флоры деревьев и кустарников. Широколиственные породы представлены липой, кленом платановидным, дубом, вязами голыми и гладкими.
Но наиболее богат видовой состав травяных сообществ парка - лугово-лесных, степных и горно-луговых. Именно эти экосистемы являются местообитаниями ряда редких и исчезающих видов растений, включенных в Красную книгу СССР (1984г.), Красную книгу Российской Федерации (1988г.) и Красную Книгу Башкортостана (1984г.). Прежде всего это орхидные - венерин башмачок настоящий и крупноцветковый, яртышник шлемоносный. В Красную книгу Башкортостана и в Красную книгу Российской Федерации занесены произрастающие на территории парка ковыли перистый, опушеннолистный, красивейший и ковыль Зелесского и яртышник обоженный.
На вершинах хребтов произрастают низкорослые пострадавшие от заморозков "корявые" дубняки субальпийского типа с богатым травяным покровом. Развит подлесок из берескелета бородавчатого. Травяной покров более скудный и низкий. Доминирует осока волосистая и звездчатка ланцетолистная.
Растительность и флора национального парка "Башкирия" находится в сфере научных интересов ботаников одного из ведущих ботанических центров России - Башкирского государственного университета (Уфа).
На территории национального парка "Башкирия" зарегистрированы практически все виды позвоночных животных, встречающихся на Южном Урале. В частности, хищные млекопитающие представлены бурым медведем, волком, лисицей, рысью, барсуком, лесной куницей, горностаем, лаской, колонком, лесным хорем, европейской норкой, выдрой, зайцеобразные - зайцем беляком и русаком, крупные и средней величины грызуны - летягой, белкой, бурундуком, ондатрой, водяной полевкой, большим сусликом, степным сурком, садовой соней, обыкновенным хомяком, большим тушканчиком, копытные - лосем, косулей. Отмечены некоторые виды птиц, включенные в Красную книгу Российской Федерации : скопа, орлан-белохвост, беркут, степной орел, сапсан.
В реках и водохранилищах обитают щука, обыкновенный таймень, европейский хариус, судак, окунь, жерех, лещ, гутера, голавль, язь, обыкновенная плотва и другие.Многих зверей и птиц можно встретить в этих лесах: лесного хозяина медведя, сильного лося, скрытную и таинственную рысь, тихого барсука. Как во всех в глухой чащобе прячется кабан, охотится куница. Весной в лесах токуют глухари, в березняках красуются краснобровые тетерева, вдоль ручьев много рябчиков. В мае в лесах парка звучит многоголосый хор разнообразных певчих птиц.